Quase duas semanas após seu desaparecimento, em 3 de dezembro, o Ministério da Defesa de Uganda anunciou, em 14 de dezembro, que o padre havia sido preso pelas forças de segurança sob a acusação de envolvimento em "atividades subversivas violentas contra o Estado". A forma como ele foi preso foi considerada inconstitucional pela Associação de Advogados Católicos de Uganda.
O Tribunal Superior de Masaka concedeu liberdade sob fiança ao padre Deusdedit Ssekabira, que estava em prisão preventiva desde dezembro de 2025. O sacerdote foi dado como desaparecido em 3 de dezembro. Quase duas semanas após seu desaparecimento, o Ministério da Defesa de Uganda anunciou, em 14 de dezembro, que o padre havia sido preso pelas forças de segurança sob a acusação de envolvimento em "atividades subversivas violentas contra o Estado". A forma como ele foi preso foi considerada inconstitucional pelos advogados católicos de Uganda (Uganda Catholic Lawyers Society UCLS). Em 23 de dezembro, o sacerdote, que é pároco da igreja de Bumangi, na Diocese de Masaka, foi encaminhado ao Tribunal de Masaka sob a acusação de lavagem de dinheiro e, posteriormente, indiciado. Em 10 de fevereiro, a juíza Victoria Nakintu Katamba determinou a libertação do padre Ssekabira mediante o pagamento de uma fiança de 15 milhões de xelins (3.600 euros), acrescida de garantias no valor de 50 milhões de xelins (12.000 euros). A decisão põe fim a mais de dois meses de detenção, após tentativas frustradas de obter a sua libertação.