A guerra civil - Um lado perdedor

Logo veio a guerra civil, com os católicos do lado perdedor, o rei então executado e o regime cromwelliano. Depois de mais de vinte anos quase sem mártires, o sangue inocente começou a fluir novamente em 1641. Houve 22 vítimas antes do final de 1645. Durante todo esse tempo, John Southworth quase não se ouviu falar. Ele estava, sem dúvida, entrando e saindo da prisão e ainda ministrando aos seus amados pobres. Enquanto isso, o novo secretário de Estado, sucessor de Windebank, advertiu o rei Carlos de que uma das causas de sua impopularidade era sua tolerância com os católicos. Então, em York, 1642, ele assinou as sentenças de morte de John Lockwood (81 anos) e Edward Catherick, ambos padres seculares.

A guerra civil entre o rei Charles e Oliver Cromwell começa em 1642. Estima-se que dois em cada cinco oficiais monarquistas mortos durante a guerra eram católicos. No início da guerra, Londres estava dividida em seu apoio e durante a guerra havia monarquistas morando em Londres ou nas proximidades. Mas em 15 de maio de 1643, o Parlamento ordenou ao prefeito que expulsasse todos os recusantes e suas esposas, mas a ordem não pôde ser cumprida integralmente. As autoridades estavam muito preocupadas com questões militares para perder tempo caçando padres.

Os padres domésticos podiam trabalhar com relativa segurança naqueles tempos difíceis. Mas as leis contra os católicos foram aumentadas com um novo juramento imposto em 1643, no qual um católico deveria rejeitar a supremacia papal e as doutrinas da transubstanciação e do purgatório. Os realistas católicos com propriedades sofreram muito e aqueles que pegaram em armas tiveram suas terras confiscadas. Não sabemos quanto tempo John Southworth permaneceu na prisão Gatehouse depois de 1640.